Umfasst die orale und parenterale Gabe von Mikroorganismen, deren Bestandteilen oder Stoffwechselprodukten zu therapeutischen Zwecken.

In der Praxis werden meist oral zu verabreichende mikrobiologische Präparate eingesetzt. Mit diesen auch als „Probiotika“ griech. „pro bios“ „für das Leben“ bezeichneten Präparate lässt sich nachweislich eine positive Beeinflussung der Darmflora erreichen.

Wirkungsweise: mit der Verabreichung von Mikroorganismen lassen sich zahlreiche immunologische Vorgänge anstossen. Ein geeignetes Präparat kann am besten auf Basis eines Stuhlbefundes ausgewählt werden.